Današnji Institut za pesticide i zaštitu životne sredine je proistekao iz Instituta za primenu nuklearne energije (INEP), koji je osnovan 1959. godine pod nazivom Institut za primenu nuklearne energije u polјoprivredi, veterinarstvu i šumarstvu (INEP) i smešten 1960. godine u objekte i ogledno polјe (sedam zgrada i 52 hektara zemlјišta) dotadašnje Ratarske ogledne stanice Polјoprivrednog fakulteta u Zemunu.
Na predlog Polјoprivrednog, Veterinarskog i Šumarskog fakulteta i posredstvom Savezne komisije za nuklearnu energiju, odluku o osnivanju INEP-a, kao međufakultetske naučne i nastavne ustanove, doneo je Savet Univerziteta u Beogradu, 19. septembra 1959. godine, a potvrdila je Narodna skupština Narodne Republike Srbije, odlukom br. 160 od 18. maja 1960. godine. Ovim odlukama, na Univerzitetu u Beogradu objedinjene su na jednom mestu dotadašnje laboratorije za primenu radioizotopa sa pojedinih fakulteta i osnovana je specifična i jedinstvena naučna institucija u tadašnjoj državi. Delatnost te institucije bila je prvenstveno usmerena na osnovna i primenjena istraživanja i usavršavanja kadrova u oblasti biotehničkih, bioloških i biomedicinskih nauka i primenu radioaktivnih i stabilnih izotopa i jonizujućih zračenja u tim oblastima.
Krajem 1991. godine, OOUR Institut za pesticide i zaštitu životne sredine izdvojio se iz sastava INEP-a i udružio se u Institut za istraživanja u polјoprivredi „Srbija”, koji je upravo te godine registrovan posle transformacije dotadašnje Složene organizacije udruženog rada za istraživanja i razvoj polјoprivrede „Srbija“. Institut „Srbija“ je, na osnovu rešenja Ministarstva za nauku i tehnologiju Republike Srbije br. 640-01-22/91-03 od 31. jula 1991. godine, registrovan kao naučna ustanova rešenjem Okružnog privrednog suda u Beogradu br. FI-12511/91 od 24. decembra 1991. godine. Takođe, rešenjem istog suda br. FI-12516/91 od 24. decembra 1991. godine, registrovan je dotadašnji OOUR Institut za pesticide i zaštitu životne sredine INEP-a kao deo Instituta za istraživanja u polјoprivredi „Srbija“, Beograd, pod nazivom Centar za pesticide i zaštitu životne sredine, Zemun.
Posle donošenja novog Zakona o naučnoistraživačkoj delatnosti u 2005. godini (Sl. glasnik RS, 110/05), centri Instituta za istraživanja u polјoprivredi „Srbija“ su odlučili da se Institut razdvoji i osnuju samostalne NIO. Ovu odluku je Vlada Republike Srbije verifikovala 18. septembra 2006. godine (Sl. glasnik RS, 78/06), a dotadašnji Centar za pesticide i zaštitu životne sredine Instituta „Srbija“ je registrovan kao samostalna naučnoistraživačka organizacija u državnoj svojini, pod nazivom Institut za pesticide i zaštitu životne sredine, rešenjem Trgovinskog suda u Beogradu br. XII Fi 337/06, od 1. novembra 2006. godine.
Sedište Instituta je u Beogradu, opština Zemun, ulica Banatska 31b.
Institut pripada kategoriji istraživačko-razvojnog instituta.
