Данашњи Институт за пестициде и заштиту животне средине је проистекао из Института за примену нуклеарне енергије (ИНЕП), који је основан 1959. године под називом Институт за примену нуклеарне енергије у пољопривреди, ветеринарству и шумарству (ИНЕП) и смештен 1960. године у објекте и огледно поље (седам зграда и 52 хектара земљишта) дотадашње Ратарске огледне станице Пољопривредног факултета у Земуну.
На предлог Пољопривредног, Ветеринарског и Шумарског факултета и посредством Савезне комисије за нуклеарну енергију, одлуку о оснивању ИНЕП-а, као међуфакултетске научне и наставне установе, донео је Савет Универзитета у Београду, 19. септембра 1959. године, а потврдила је Народна скупштина Народне Републике Србије, одлуком бр. 160 од 18. маја 1960. године. Овим одлукама, на Универзитету у Београду обједињене су на једном месту дотадашње лабораторије за примену радиоизотопа са појединих факултета и основана је специфична и јединствена научна институција у тадашњој држави. Делатност те институције била је првенствено усмерена на основна и примењена истраживања и усавршавања кадрова у области биотехничких, биолошких и биомедицинских наука и примену радиоактивних и стабилних изотопа и јонизујућих зрачења у тим областима.
Крајем 1991. године, ООУР Институт за пестициде и заштиту животне средине издвојио се из састава ИНЕП-а и удружио се у Институт за истраживања у пољопривреди „Србија”, који је управо те године регистрован после трансформације дотадашње Сложене организације удруженог рада за истраживања и развој пољопривреде „Србија“. Институт „Србија“ је, на основу решења Министарства за науку и технологију Републике Србије бр. 640-01-22/91-03 од 31. јула 1991. године, регистрован као научна установа решењем Окружног привредног суда у Београду бр. ФИ-12511/91 од 24. децембра 1991. године. Такође, решењем истог суда бр. ФИ-12516/91 од 24. децембра 1991. године, регистрован је дотадашњи ООУР Институт за пестициде и заштиту животне средине ИНЕП-а као део Института за истраживања у пољопривреди „Србија“, Београд, под називом Центар за пестициде и заштиту животне средине, Земун.
После доношења новог Закона о научноистраживачкој делатности у 2005. години (Сл. гласник РС, 110/05), центри Института за истраживања у пољопривреди „Србија“ су одлучили да се Институт раздвоји и оснују самосталне НИО. Ову одлуку је Влада Републике Србије верификовала 18. септембра 2006. године (Сл. гласник РС, 78/06), а дотадашњи Центар за пестициде и заштиту животне средине Института „Србија“ је регистрован као самостална научноистраживачка организација у државној својини, под називом Институт за пестициде и заштиту животне средине, решењем Трговинског суда у Београду бр. XII Фи 337/06, од 1. новембра 2006. године.
Седиште Института је у Београду, општина Земун, улица Банатска 31б.
Институт припада категорији истраживачко-развојног института.
