Основна делатност Института су примењена и развојна истраживања у биотехничким наукама, научној грани пољопривреда, научној дисциплини заштита биљака (фитопатологија, ентомологија, пољопривредна зоологија, хербологија, фитофармација и токсикологија, интегрална заштита биља, заштита ускладиштених производа). Институт реализује и стручне послове у вези са регистрацијом, прометом, применом и контролом средстава за заштиту биља, здрављем биља (дијагнозом биљних болести и фитосанитарном контролом биљног материјала) и безбедношћу хране